A fundação do município de Atibaia está ligada ao contexto histórico da atuação dos bandeirantes, desbravadores que saiam à frente de pequenas comitivas para explorar terras virgens, em busca de índios e minerais preciosos. A maioria das expedições partia de São Paulo, e a rota mais procurada era a que levava aos tesouros das Minas Gerais. Tratava-se de uma viagem longa e árdua, que requeria muitas paradas para descanso e reabastecimento. A primeira delas, ainda nas proximidades de São Paulo, ficava numa colina banhada por um rio onde hoje se encontra Atibaia.
Jerônimo de Camargo, bandeirante descendente de uma das mais conhecidas famílias da vila de São Paulo, profundo conhecedor de toda a região, acabou por fixar-se no local e fundou uma fazenda de gado e, no alto da colina, construiu uma capelinha sob a invocação de São João Batista no dia 24 de junho de 1665, data que marcou a fundação do município, e na qual é feriado municipal atualmente. Nesta mesma época, o padre Mateus Nunes de Siqueira chegou do sertão com um grupo de índios guarus catequizados e, por ordem da Câmara Municipal de São Paulo, instalou-os ao lado do sítio de São João Batista. O pequeno núcleo confirmou-se, então, como parada obrigatória para quem seguia em direção a Minas Gerais e o povoado começou a desenvolver-se lentamente.
Em 1679, a igrejinha passou a ser capela curada – isto é, a ter padre próprio – e, em 1687, recebeu a visita do Padre Providencial, que celebrou missa na localidade. Jerônimo de Camargo faleceu em Jundiaí, no princípio de 1707, mas seus descendentes deram continuidade ao trabalho nas fazendas de gado e à luta pela emancipação do vilarejo. Finalmente, por alvará de 13 de agosto de 1747, a aldeia tornou-se “freguesia” e assim nasceu o distrito de São João de Atibaia (ou Tybhaia, conforme a grafia da época).
Em vista da falta de Justiça e de queixas recebidas, a corte portuguesa elevou o distrito de Atibaia à categoria de vila e município, por portaria de 27 de junho de 1769. No ano seguinte, foi instalada a primeira Câmara Municipal, com grandes solenidades no levantamento do pelourinho. A partir daí, já independente e com administração própria, a vila pôde encetar o seu progresso. De fato, em pouco tempo tornou-se uma espécie de celeiro da capital paulista, graças ao grande desenvolvimento da pecuária e da cultura de cereais, em especial de trigo.
Em 22 de abril de 1864 recebeu o título de município, de acordo com a lei provincial n.º 26. Em 20 de dezembro de 1905 o município de São João de Atibaia passou a denominar-se apenas Atibaia, pela Lei Estadual n° 675.
Proclamada a República, iniciou-se para Atibaia uma fase de grande desenvolvimento, com uma sucessão vertiginosa de melhorias: a instalação de redes de água, esgoto e luz elétrica, as inaugurações do Grupo Escolar José Alvim e do Hotel Municipal, a criação da primeira indústria têxtil, o alargamento das ruas, o ajardinamento das praças – todos esses fatores alteraram significativamente o perfil da vila pobrezinha de São João do Atibaia e deram origem à Atibaia que conhecemos hoje.” ”
